El obispo del Paraguay, doctor Juan José Priego, peticionó al monarca en el sentido de fundar una institución de enseñanza superior en la Asunción.
Con el voto favorable del Consejo de Indias, el rey ordenó por cédula real de 23 de agosto de 1766 la fundación de un colegio seminario en Asunción.
Los postulantes tendrían que haber cursado como mínimo tres años de filosofía o cuatro de teología, con aprobación, en algún centro de estudio público, aunque no eran necesarios poseer grados eclesiásticos. Fueron creadas las cátedras de Teología Escolástica, Teología Dogmática y Gramática, y en esta misma oportunidad, quedó fijado para, el día 10 de noviembre la ceremonia de apertura de las clases en el flamante colegio seminario.
A fin de contrarrestar las "doctrinas subversivas", las autoridades coloniales impusieron censuras a los actos públicos desde fines del siglo XVIII en adelante. El Seminario de San Carlos sufrió varias interrupciones, una de ellas a causa de las batallas de Cerro Porteño y Tacuary a comienzos de 1811. La junta Superior Gubernativa lo reabrió al año siguiente y continuó impartiendo clases hasta que el doctor Francia ordenó su clausura definitiva en 1823.